Per Tomás Navarro Tomás i el seu equip la transcripció fonètica era d'importància cabdal a l'hora de recollir i d'editar els seus materials lingüístics, cosa que era normal a Europa filològica de l'època. De fet, Ramón Menéndez Pidal havia enviat Navarro Tomás amb una pensió de la Junta para la Ampliación de Estudios perquè es formés en els millors laboratoris de fonètica de França, Suïssa i Alemanya. En tornar a Madrid va ser quan Navarro Tomás creà el Laboratorio de Fonética dins de la Sección de Filología del Centro de Estudios Históricos, i de fet els treballs de l'ALPI s'emmarcaven en els del Laboratori.
Tot referint-se a la importància que donava a la transcripció fonètica en l'atles, Navarro Tomás va escriure:
El valor demostrativo de estos mapas […] es mérito de la detallada precisión de sus transcripciones. Una investigación realizada con menos rigor analítico y con transcripción menos estrecha, habría resbalado por encima de muchos de estos pormenores tan significativos para el cabal conocimiento de la materia. En efecto, no se trata de detalles fuera del alcance de una observación adecuada. Son sentidos de manera general, pero sólo adquiere conciencia de ellos el oído adiestrado para definirlos.
Visto a la distancia de los cuarenta años transcurridos, no se puede decir que el plan del ALPI ni el método seguido en su elaboración hayan perdido actualidad ni consistencia. Si hoy hubiera que repetir la empresa, habría que aplicar las mismas normas. No se ha descubierto manera de estudiar la lengua popular sin ir a buscarla a su propio terreno. Tampoco hay modo de representar esa lengua sin imponerse limitaciones de sujetos y de lugares. Los aparatos mecánicos sólo prestan una ayuda relativa. El oído convenientemente ejercitado sigue siendo el instrumento más perfecto. Muchas veces, al repasar en la oficina una cinta magnetofónica, se echa de menos la presencia de la persona que la inscribió.
(Navarro Tomás 1975: 19)
Devem a Navarro Tomás la creació del Alfabeto Fonético de la Revista de Filología Española (RFE, II, 1915: 374-376), un alfabet extraordinàriament ric en matisos que adaptava a les parles peninsulars els sistemes de transcripció d'altres atles europeus amb alguns símbols de l'Alfabet Fonètic Internacional (API). Ell mateix es va ocupar d'ensinistrar els futurs enquestadors de l'atles en la utilització rigorosa d'aquest alfabet que, durant molt de temps, ha estat un referent per a la majoria dels atles lingüístics del món hispànic.
L´alfabet fonètic en la Revista de Filología Española
La Introducció de l'ALPI dedica vuit pàgines de gran format a descriure detalladament l'alfabet fonètic que fa servir. S'hi explica per què, a l'hora de cartografiar les dades, van optar per simplificar la transcripció que s'havia utilitzat en les enquestes:
Se estimó conveniente simplificar en algunos casos las transcripciones fonéticas sacrificando ciertos matices, con el doble fin de unificar el criterio de los transcriptores y de facilitar la lectura de las notaciones; en esta labor se tuvieron muy en cuenta las instrucciones de don Tomás Navarro.
(Introducción al ALPI, 1962 : 6)
