Para Tomás Navarro Tomás e o seu equipo, a transcrición fonética era de importancia capital á hora de recoller e de editar os materiais lingüísticos. Isto era normal na Europa filolóxica da época. De feito, Ramón Menéndez Pidal enviara ao estranxeiro a Navarro Tomás cunha axuda da Junta para la Ampliación de Estudios para que se formase nos mellores laboratorios de fonética de Francia, Suíza e Alemaña. Ao seu regreso a Madrid foi cando Navarro Tomás creou o Laboratorio de Fonética dentro da Sección de Filología do Centro de Estudios Históricos, e de feito os traballos do ALPI enmarcábanse nos do Laboratorio.

Referíndose á importancia que lle daba á transcrición fonética no atlas, Navarro Tomás escribiu:

El valor demostrativo de estos mapas […] es mérito de la detallada precisión de sus transcripciones. Una investigación realizada con menos rigor analítico y con transcripción menos estrecha, habría resbalado por encima de muchos de estos pormenores tan significativos para el cabal conocimiento de la materia. En efecto, no se trata de detalles fuera del alcance de una observación adecuada. Son sentidos de manera general, pero sólo adquiere conciencia de ellos el oído adiestrado para definirlos.

Visto a la distancia de los cuarenta años transcurridos, no se puede decir que el plan del ALPI ni el método seguido en su elaboración hayan perdido actualidad ni consistencia. Si hoy hubiera que repetir la empresa, habría que aplicar las mismas normas. No se ha descubierto manera de estudiar la lengua popular sin ir a buscarla a su propio terreno. Tampoco hay modo de representar esa lengua sin imponerse limitaciones de sujetos y de lugares. Los aparatos mecánicos sólo prestan una ayuda relativa. El oído convenientemente ejercitado sigue siendo el instrumento más perfecto. Muchas veces, al repasar en la oficina una cinta magnetofónica, se echa de menos la presencia de la persona que la inscribió.

                                                                                                                                                                                                          (Navarro Tomás 1975: 19)

A Navarro Tomás débeselle a creación do Alfabeto Fonético da Revista de Filología Española (RFE, II, 1915: 374-376), un alfabeto extraordinariamente rico en matices que adaptaba para as falas peninsulares os sistemas de transcrición doutros atlas europeos con algúns símbolos do Alfabeto Fonético Internacional (AFI). El mesmo foi quen se ocupou de adestrar os futuros enquisadores do atlas na utilización rigorosa deste alfabeto que, durante moito tempo, foi un referente para a maior parte dos atlas lingüísticos do mundo hispánico.

O alfabeto fonético na Revista de Filología Española

A Introducción do ALPI dedica oito páxinas de gran formato a describir pormenorizadamente o alfabeto fonético que emprega. Alí explícase por que, á hora de cartografar os datos, optaron por simplificar a transcrición que se utilizara nas enquisas:

Se estimó conveniente simplificar en algunos casos las transcripciones fonéticas sacrificando ciertos matices, con el doble fin de unificar el criterio de los transcriptores y de facilitar la lectura de las notaciones; en esta labor se tuvieron muy en cuenta las instrucciones de don Tomás Navarro.

                                                              (Introducción al ALPI, 1962 : 6)